Selon Le Monde, près d’un quart des 80 universités françaises pourraient se retrouver en situation « de grave déficit » en 2012. D’après Jean-Loup Salzmann, président de Paris-XIII et chargé de la commission des moyens à la CPU, il y a un déficit de « 45 millions d’euros sur la masse salariale », dû notamment à une mauvaise évaluation de l’augmentation des salaires liée à l’ancienneté des personnels.

Le décret licence signé par Laurent Wauquiez imposant 1 500 heures de cours sur 3 ans met également les universités en situation délicate puisque aucun crédit supplémentaire n’a été alloué pour son financement.

Les universités prestigieuses n’échappent pas à la crise : Strasbourg, Paris-Diderot, Pierre-et-Marie-Curie, et Paris-XI sont particulièrement touchées. « Des universités à forte activité de recherche voient leurs crédits de fonctionnement sous-estimés, car le ministère prend mal en compte le personnel technique et les ingénieurs indispensables pour faire fonctionner les laboratoires », affirme Vincent Berger, président de Paris-Diderot.

Selon le rapport de la Cour des Comptes du 2 juillet 2012, 120 millions d’euros manqueraient au budget de l’enseignement supérieur.

Jean-Loup Salzmann estime cependant qu’il serait « impensable qu’un gouvernement de gauche, qui mise sur la jeunesse et sur la recherche, mette les universités à la diète budgétaire ou, pire, les place sous tutelle ».