Les annonces du Premier ministre provoquent le mécontentement de l’ensemble des organisations syndicales de l’Education nationale, toutes tendances confondues. Le SNES-FSU (second degré) pense que les projets gouvernementaux vont « vers l’abandon progressif du cadre national de l’éducation, et va bien au-delà des déclarations faites jusqu’à ces derniers jours par le ministre de l’Education Nationale devant les organisations syndicales. (…) L’expérimentation d’une plus grande autonomie des établissements scolaires (…) est pensée sur un modèle proche de l’enseignement privé ». L’UNSA-Éducation estime qu’ « aucun argument n’est avancé pour justifier les transferts » de la médecine scolaire et des assistantes sociales et que « le seul objectif est de réduire l’Etat, de transférer des charges sans tenir compte des attentes des citoyens et des besoins des usagers. » La FNEC-FP-FO (Fédération nationale de l’enseignement, de la culture et de la formation professionnelle) « prend bonne note de la déclaration de guerre » que Jean-Pierre Raffarin a adressé « aux personnels de l’Education nationale », notamment aux personnels non enseignants. Le SNALC-CSEN fait part de sa « stupeur » et de sa « consternation » face aux déclarations du Premier ministre et rappelle que « la déconcentration déjà entamée par Claude Allègre n’a rien réglé des problèmes aigus que connaît l’Éducation nationale » et « l’autonomie actuelle [des établissements secondaires] a suffisamment montré ses défauts ». Quant au SGEN-CFDT, il estime que le projet de loi sur la décentralisation est « une décision comptable », visant à « diminuer à terme le nombre de fonctionnaires d’État. »

Les syndicats de médecins scolaires expriment également leur refus des mesures annoncées : le SNAMSPEN estime que la séparation des médecins et des infirmières entraînera des « dysfonctionnements multiples et majeurs ». « Quelle cohérence d’action entre des professionnels de santé, médecins et infirmières, rattachés à des tutelles administratives obéissant à des logiques différentes? », estime pour sa part le SNMSU-UNSA. Le SNASEN-UNSA-Education (Syndicat national des assistants sociaux de l’Éducation nationale) se dit « choqué, indigné » et « s’insurge contre le mépris à l’encontre des personnels que représente [le transfert des assistants sociaux aux départements] ». Le SNUAS-FP-FSU (Syndicat national unitaire des assistants sociaux de la fonction publique) exige de son côté « le maintien des services sociaux à l’Éducation nationale et de tous les professionnels qui contribuent à la mission éducative de l’école ». Du côté des personnels TOS (techniques, ouvriers et de service), qui basculeront également dans la fonction publique territoriale, l’indignation s’exprime : l’UNATOS-FSU « réaffirme son opposition aux projets gouvernementaux en matière de transfert [aux collectivités territoriales] de missions et de personnels de l’Education nationale ».