Selon Le Monde, près d'un quart des 80 uni­ver­si­tés fran­çaises pour­raient se retrou­ver en situa­tion "de grave défi­cit" en 2012. D'après Jean-Loup Salzmann, pré­sident de Paris-XIII et chargé de la com­mis­sion des moyens à la CPU, il y a un défi­cit de "45 mil­lions d'euros sur la masse sala­riale", dû notam­ment à une mau­vaise évalua­tion de l'augmentation des salaires liée à l'ancienneté des personnels.

Le décret licence signé par Laurent Wauquiez impo­sant 1 500 heures de cours sur 3 ans met égale­ment les uni­ver­si­tés en situa­tion déli­cate puisque aucun cré­dit sup­plé­men­taire n'a été alloué pour son financement.

Les uni­ver­si­tés pres­ti­gieuses n'échappent pas à la crise : Strasbourg, Paris-Diderot, Pierre-et-Marie-Curie, et Paris-XI sont par­ti­cu­liè­re­ment touchées. "Des uni­ver­si­tés à forte acti­vité de recherche voient leurs cré­dits de fonc­tion­ne­ment sous-estimés, car le minis­tère prend mal en compte le per­son­nel tech­nique et les ingé­nieurs indis­pen­sables pour faire fonc­tion­ner les labo­ra­toires", affirme Vincent Berger, pré­sident de Paris-Diderot.

Selon le rap­port de la Cour des Comptes du 2 juillet 2012, 120 mil­lions d'euros man­que­raient au bud­get de l'enseignement supé­rieur.

Jean-Loup Salzmann estime cepen­dant qu'il serait "impen­sable qu'un gou­ver­ne­ment de gauche, qui mise sur la jeu­nesse et sur la recherche, mette les uni­ver­si­tés à la diète bud­gé­taire ou, pire, les place sous tutelle".