Plus fort que Second Life et le Rubik's Cube réunis: les adeptes d'un jeu vidéo sur inter­net ont réussi en trois semaines à déco­der la struc­ture d'une enzyme proche de celle du virus du sida, une énigme qui tenait en échec depuis dix ans les plus éminents scientifiques.

Pour célé­brer l'exploit, la revue scien­ti­fique Nature Structural & Molecular Biology, qui a publié dimanche cette décou­verte, fait excep­tion­nel­le­ment figu­rer les joueurs de "Foldit" comme co-auteurs de l'étude.

Foldit (lit­té­ra­le­ment "plie-le"), est un jeu vidéo expé­ri­men­tal déve­loppé en 2008 en col­la­bo­ra­tion entre les dépar­te­ments d'informatique et de bio­chi­mie de l'Université de Washington (USA), acces­sible à tous sur inter­net (http://fold.it).

Son but: faire résoudre par les joueurs humains un pro­blème auquel se heurtent tou­jours les ordi­na­teurs, en l'occurrence com­ment une molé­cule se "plie" pour for­mer une struc­ture en trois dimen­sions et don­ner ainsi nais­sance à une protéine.

"Les gens ont des capa­ci­tés de rai­son­ne­ment dans l'espace bien supé­rieures à celle des ordi­na­teurs", explique Seth Cooper, l'un des créa­teurs de Foldit.

"Les résul­tats publiés cette semaine montrent qu'en com­bi­nant les jeux, la science et l'informatique, on par­vient à des avan­cées qui n'étaient pas envi­sa­geables jusqu'alors", estime-t-il.

Trouver la confi­gu­ra­tion exacte d'une pro­téine est sou­vent vital pour com­prendre com­ment une mala­die (infec­tion, can­cer, etc.) se déve­loppe au sein de l'organisme et sur­tout pour élabo­rer un médi­ca­ment capable de la stopper.

Malheureusement pour les bio­lo­gistes, un micro­scope ne four­nit qu'une image "écra­sée" de la protéine.

L'une des tâches les plus ardues pour les scien­ti­fiques est donc de démê­ler cet éche­veau pour recons­truire la molé­cule en 3D et iden­ti­fier les zones où les médi­ca­ments pour­raient agir.

Pendant plus d'une décen­nie, les cher­cheurs se sont cas­sés les dents et les méninges sur une enzyme uti­li­sée par un rétro­vi­rus, famille à laquelle appar­tient le VIH.

Ce type d'enzymes, appe­lées pro­téases rétro­vi­rales, joue un rôle fon­da­men­tal dans la manière dont le virus du sida pro­li­fère. Les méde­cins sont convain­cus qu'en les inhi­bant, ils pour­raient effi­ca­ce­ment lut­ter contre la mala­die mais, faute de connaître la struc­ture exacte de cette enzyme, il leur était très dif­fi­cile de trou­ver les sub­stances capables de la bloquer.

Ils ont donc fini par faire appel à l'ingéniosité des joueurs de Foldit.

Répartis en équipes concur­rentes, des mil­liers de joueurs du monde entier, col­lé­giens ou retrai­tés, ont mani­pulé dans le cybers­pace des chaînes d'acides ami­nés — les briques élémen­taires qui com­posent les pro­téines -, les pliant et les repliant dans toutes les com­bi­nai­sons ima­gi­nables pour ten­ter d'aboutir à une struc­ture viable.

Pour les aider dans leur tâche, ils béné­fi­cient de l'assistance d'un pro­gramme infor­ma­tique bap­tisé Rosetta, d'après la Pierre de Rosette qui avait per­mis à Champollion de déchiffre les hié­ro­glyphes égyptiens.

Les modèles de pro­téines trans­mis par les joueurs via inter­net étaient tel­le­ment proches de la réa­lité qu'il n'a fallu que quelques jours aux cher­cheurs pour les affi­ner et établir la struc­ture exacte de l'enzyme.

"Foldit est la preuve qu'un jeu peut trans­for­mer un novice en un expert capable de faire des décou­vertes de pre­mier ordre. Nous sommes en train d'adopter la même approche dans la façon d'enseigner les maths et la science à l'école", sou­ligne Zoran Popovic, pro­fes­seur d'informatique à l'Université de Washington.

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